Va ser el 21 de setembre de 1987. La nota de premsa era escueta: a conseqüència d'una baralla a la porta del Midnight Bottle Club en els suburbis de la ciutat on vivia, Fort Laudale. Pel seu aspecte i el seu estat no l'havien deixat passar a prendre una copa i el van apalejar. Així, textualment. Això va ser deu dies abans de la seua mort. Un desl goril·les de la porta, anomenat Luc Havan, li fracturà el crani. L'informe de la policia deia que tenia un fort colp a la cara, però un reporter del Miami Herald, Tom Moon, desconfiant de la versió asèptica de la policia, investiga els per quès. Així, avui també sabem que a les quatre i mitja de la matinada va ser internat en el Broward Country General Medical Center...

Acompanya els músics que passen de gira per l'estat -Supremes, Temptations, C.C. Riders, etc.- actuant amb un grup de la ciutat anomenat "Las Olas Brass".
A principis del 73 toca amb una banda en el Bakers Dozen, coneguent Peter Graves, trombonista del grup, que alhora dirigeix el grup del Bachelors III Club de Fort Lauderdale. Comença a treballar amb ells i entabla amistat amb alguns dels músics de la banda: el bateria Danny Gotlieb, el baixista Marc Egan, el percussionista Don Alias i el guitarrista Pat Metheny. En eixe estiu coneix el pianista Paul Bley que passava uns dies de vacances a Miami. El següent estiu, Bley convida Jaco a tocar en un reobert club de Nova York, en la McDougal Street, cor del Greenwich Village. També crida a Pat Metheny i al bateria Bruce Ditmas. Eixa unió esporàdica porta a Bley a documentar-la en un disc anomenat simplement Pastorius/Metheny/Ditmas/Bley" i publicar-la en el seu segell Improvising Artists (1974).
Segueix treballant amb Ira Sullivan, que ja coneguera en el Bakers Dozen. Grava amb Metheny en el primer disc del guitarrista per al segell alemany ECM i en l'estiu del 75 es troba amb Bobby Colomby, bateria del grup Blood, Sweat and Tears qui li presenta a Steve Popovich, A&R del segell Epic. L'escolta... i el 15 de setembre, Pastorious signa un contracte amb el segell. Té 24 anys.
En el 76 apareix un dels discos més importants del baix elèctric del jazz contemporani: Jaco Pastorius. En ell intervenen Hancock, Shorter, Sanborn, els Brecker, Howard Johnson, Narada, Lenny White, Hubert Laws, Sam&Dave...
Després vindria la Weather Report. La seua història es circunscriu a sis discos -Black Market, Heavy Weather, Mr. Gone, 8:30, Night Passage i Weather Report- a més dels dos Havana Jam -I i II- gravats a Cuba en 1979 i que incloia la seua participació en el Trio of Doom amb John McLaughlin i Tony Williams.